Trafiken är en av de största riskerna i Indonesien. Svenskar bör vara särskilt försiktiga vid motorcykeltransport, då turister ofta är inblandade i olyckor – särskilt på Bali – med allvarliga konsekvenser. Hjälm ska alltid användas vid motorcykeltransport.
Enligt lag krävs internationellt körkort för att köra bil eller motorcykel som utlänning. Trots detta hyr många uthyrare, särskilt av motorcyklar, ut fordon till turister utan att kontrollera körkort. Poliskontroller är vanliga och böter utfärdas regelbundet. Avsaknad av internationellt motorcykelkörkort kan även påverka försäkringsskyddet vid olyckor.
Utöver ett underdimensionerat vägnät och ett växande antal fordon utgör den stora mängden motorcyklar och bristande efterlevnad av trafikregler en betydande risk. Extra försiktighet krävs under högtider som Lebaran (slutet av Ramadan), då trafikbelastningen är extrem på grund av omfattande resande.
Indonesiska flygbolag var tidigare förbjudna att trafikera EU på grund av säkerhetsbrister. Efter genomförda förbättringar är samtliga bolag nu godkända för flygningar inom EU. För aktuell information och lista över flygbolag som är förbjudna att trafikera EU, se EU:s hemsida. Många indonesiska flygbolag drabbas ofta av förseningar. Resenärer bör därför planera med god tidsmarginal.
Ett stort antal lokala passagerarbåtar trafikerar Indonesiens öar. Allvarliga olyckor förekommer, ofta till följd av överbelastning. Säkerhetsstandarder varierar, och maxgränser för passagerare överskrids ibland. Enskilda seglare bör även vara medvetna om att piratverksamhet förekommer i vissa farvatten. Uppdaterad information finns på webbplatsen Piracy Report.