Al-Shabaab utgör fortsatt ett allvarligt säkerhetshot genom frekventa riktade attacker. Organisationen har territoriell kontroll i flera områden i södra och centrala Somalia och beskattar befolkningen, genomför rekrytering, ofta genom tvång, sätter upp domstolar och andra former av maktutövning i områden där den har partiell kontroll eller stort inflytande. Politisk instabilitet, klankonflikter, beväpnad milis, organiserad brottslighet och kidnappningar präglar också den svåra säkerhetssituationen i landet.
Improviserade sprängladdningar, självmordsbomber och bilbomber används bland annat i Mogadishu. Sådana attacker sker ofta i tätbefolkade/trafikerade områden och drabbar civila och andra som befinner sig på fel plats vid fel tidpunkt. I Mogadishu och andra större städer i Somalia är säkerhetspersonal, offentliga byggnader, restauranger och hotell särskilt attraktiva mål för attentat och komplexa attacker. Det har förekommit flera bombattacker mot och (2022) en terroristattack inne i "AAIA", området för Aden Adde International Airport (AAIA), den internationella flygplatsen i Mogadishu. Här finns FN, AUSSOM, flera ambassader och internationella organisationer.
Den somaliska IS-fraktionen är baserade i bergsområdet Galgala (Caal Miskaad, Caal Midow) och öster om Bossaso i Puntland.
Piratverksamhet: Piratverksamhet i Adenbukten och Indiska oceanen fortgår, trots motåtgärder från framförallt internationella insatser till sjöss, samt industrins eget skydd av fartyg. Kriminella nätverk verkar bland annat inom människohandel och illegal import av vapen, ammunition och råvaror till sprängämnen.