Försvarsavdelningen vid ambassaden lyder direkt under Försvarsmaktens högkvarter. Huvuduppgiften är att främja och administrera det svensk – tjeckiska militära samarbetet inom olika områden. Exempel på sådant samarbete är utbyte av erfarenheter rörande försvarsrationaliseringar med tonvikt på personal-, utbildnings- och utrustningsfrågor, samarbete rörande miljösanering, forskning och teknikutveckling samt deltagande i internationella fredsfrämjande missioner.
Tjeckien och Sverige är medlemmar i NATO.
Som medlemmar i Europeiska unionen är Sverige och Tjeckien partners i arbetet med att skapa och upprätthålla EU:s krishanteringsförmåga. Det svensk – tjeckiska militära samarbetet kan därför komma att öka i framtiden.
Försvarsavdelningen vid ambassaden medverkar i planering och genomförande av militära högnivåbesök från Sverige till Tjeckien. Vid försvarsavdelningen handläggs också diplomatiska tillståndsärenden. Exempel på detta är svensk militär personals besök i Tjeckien, transporter av svenska militära förband och utrustning till eller genom Tjeckien samt överflygnings- och landningstillstånd för svenska statsluftfartyg.
Tjeckiens beslut i maj 2014 att förlänga leasingavtalet avseende 14 stycken JAS 39 C/D Gripen till minst 2026 är en viktig beståndsdel i det långsiktiga goda samarbete som utvecklats sedan det första avtalet tecknades 2004. Tjeckien avser återigen förlänga leasingkontraktet med JAS-Gripen stridsflygplan till 2035 Tjeckien började använda JAS 39 C/D Gripen 2005. En ytterligare viktig beståndsdel i samarbetet var när Tjeckiens regering i maj 2023 beslutade om att underteckna avtal omfattande 246 stycken CV90 MkIV till ett ordervärde av cirka 22 miljarder SEK från BAE Systems Hägglunds i Örnsköldsvik.
