Klimatet är varmt och fuktigt med två tydliga årstider. Regnperioden, som sträcker sig från mitten av maj till mitten av november, med den största nederbörden i juli och augusti. Medan torrperioden omfattar de återstående månaderna av året. December och januari är de svalaste månaderna. Temperaturerna är dock mycket höga under hela året: genomsnittligt lägsta temperaturer ligger mellan 20ºC (i januari) och 26ºC (i oktober), medan den genomsnittliga högsta temperaturen ligger mellan 30ºC och 32ºC .
Man bör vara försiktig vid bad vid Guineabuktens stränder, då havsströmmarna är starka, även nära land.
Guinea-Bissau har varit förskonat från mer allvarligare naturkatastrofer med dramatiskt förlopp. Under regnperioden mellan maj och november kan dock våldsamma regn förekomma och orsaka översvämningar och jordskred.
